Linklater định cư tại Austin, Texas và từ chối sinh sống hay công tác tại Hollywood trong bất kì khoảng thời gian dài nào. Ông đã ở chung với Christina Harrison từ những năm 1990.[25] Năm 1994 cặp đôi đón bé gái đầu lòng, đến năm 2004 lại có một cặp gái sinh đôi. Cô con gái cả Lorelei Linklater từng đóng Thời thơ ấu trong vai chị của nhân vật chính.

Linklater là một người ăn chay từ những tuổi 20. Năm 2015, ông giải thích về lối sống ăn kiêng của mình trong một bộ phim tài liệu được làm theo kiểu Thời thơ ấu cho tổ chức People for the Ethical Treatment of Animals.[26]